OTF パッケージを用いて組版するためには、 Unicode でなければ表現できない文字は \UTF{} で表わし、 その他の文字は普通に (SJIS, EUC, UTF-8, … を用いて) エンコーディングすれば、 良い。
ただし、それは結構煩わしいこともあるので、 .tex を最初は UTF8 エンコーディングで普通に (\UTF{} を用いずに) 書いておいて、 後から (次に説明する) utf82tex あるいは utf8outf で、 Unicode が必要な文字を自動的に \UTF{} に置き換える (もちろん OTF パッケージを用いて組版する) という手段が用意されている。
(きっとそのうちにその作業が裏方に回るだろうね。)