Documentation として、 Hecht [1] がある。 マニュアルというよりは、膨大な事例集と呼ぶのが適切な感じがする。 (インストールすると、
大塚・高石 [2] という日本語テキストがある (現在品切れのようだが、Maruzen eBook で読むことが出来る)。
自分でプログラムを書く場合は、 上記の資料を参考にすると良い。 FreeFEM の文法については、 桂田 [3] というメモも参考になるだろう。