.bashrc の末尾に emacs などを使って
export PATH=$PATH:/usr/local/jdk1.6.0_03/bin
うまく設定できたかどうかチェックするには、
source .bashrc (最初 .cshrc と書いてあった) javac
個人的には、 コマンドラインで使う限りにおいて、 Windows よりは Linux の方が便利だと思う。