桂田研では、 GLSC を ほんの少し拡張したものを使っています。
http://www.math.meiji.ac.jp/~mk/math-comp/mmo/cygwin-glsc+.tar.gz
tar xzf cygwin-glsc+.tar.gz -C /usr/local
こうやってインストールすると ccmg コマンドなどがインストールされます。
オリジナルと互換性があるので (単なる機能追加)、 /usr/local/ の下にインストールすることにしてあります。