(ここで紹介したサイトは今はもうなくなってしまっているみたい …)
http://homepage3.nifty.com/ryuz/programing/wavefmt.html に書いて ある情報を参考にして、 WAVE ファイルの読み書きをするプログラムを C で書いた。
この時は気が付かなかったが、 『WAVファイルフォーマット』 というWWWページがあって、これが良さそう。
なお、C で FFT をするには、 『Ooura's Mathematical Software Packages』 にある大浦FFTを使うのがお勧め。