C: ドライブの先頭 C:￥ は、Cygwin では、 /cygdrive/c という名前でアクセス出来る。 例えば C:￥WINDOWS￥system32 は、Cygwin では、 /cygdrive/c/WINDOWS/system32 となる。
一方、Cygwin におけるルート / は、実は Windows の C:￥cygwin に相当する。 例えばユーザー mk のホームディレクトリィ /home/mk は、 Windows では C:￥cygwin￥home￥mk として アクセス出来る。
デスクトップに自分のホームディレクトリィへのショートカットを作って おくのがお勧めである (C:￥cygwin￥home を開いて、 自分のユーザー名のフォルダをデスクトップに右ドラッグする)。