qkc がお勧め。日本語 EUC, 改行が UNIX 形式 (LF) とするには、 -eu というオプションをつける。
qkc -eu HelloWorld.java
シフトジス, 改行が MS-DOS (Windows) 形式 (CR-LF) とするには、 -ms というオプションをつける。
qkc -ms HelloWorld.java