現在 UNIX の世界では、 セキュリティを確保するためにリモート・ログインや ファイル転送、リモート・コマンドの実行に SSH (Secure Shell) というソフトウェアを 利用するのが普通です。
Windows 上で鍵を作っておいて、 その公開鍵を UNIX システム側に転送しておけば、 Windows にログオンしてから一度だけパスフレーズを打ち込めば、 それ以後はパスワード入力を省略してアクセスすることが出来るようになります。
(鍵の作り方を書く予定…)